一、本署為使國有土地產籍資料確實，並與土地登記簿及土地現況一致，曾於民國七十四年策訂「國有非公用土地全面清查計畫」，清查本署直接管理之非公用土地，自七十五年度至七十八年度完成清查二三萬二、九八二筆，面積一萬六、八三二公頃。嗣為擴大清查範圍，遵照行政院指示擬訂「國有土地全面清查計畫」，奉核定自七十九年度起至八十五年度止，為期七年對國有公用土地及非公用土地實施全面清查，共計完成清查國有土地八二萬七、三八六筆（戶），面積二八萬五、六二一公頃，包括國有公用土地二０萬四、八二二筆，面積九萬九、八五五公頃，委託經營非公用土地四萬七、六三九筆（戶），面積一萬五、六三七公頃，委託管理非公用土地二０萬二、六六０筆（戶），面積一二萬、０五二公頃，本署直接管理非公用土地三七萬二、二六五筆（戶），面積四萬四、０七七公頃。
二、自八十七年十二月二十一日台灣省政府功能業務與組織調整後，原台灣省有財產由國家概括承受，自此，原台灣省有財產即納入國有財產之管理體系。為期對原台灣省有土地資料，確實掌握正確資訊，俾能積極處理國有土地，提高土地利用效率，財政部於九十年五月三日以台財產接字第０九０００一一五九一號函訂頒「原台灣省有土地全面清查計畫」，轉知各公用財產管理機關及本署所屬，於民國九十一年開始辦理原省有土地全面清查。