嘉義辦事處係先於民國五十年六月，依本署（前國有財產局）各地區辦事處暫行組織規程第九條及財政部國有財產局台灣省各地區辦事處派駐各縣（局）業務專員辦事簡則，設於嘉義縣政府內，當時名為財政部國有財產局台灣省南區辦事處駐嘉義縣業務專員。
        民國五十一年八月，配合本局台灣省南區辦事處組織規程訂頒，改設為財政部國有財產局台灣省南區辦事處嘉義分處。
        嗣為配合行政院組織改造，於102年1月1日機關改制為「財政部國有財產署南區分署嘉義辦事處」，其業務轄區包含嘉義市、嘉義縣內各鄉、鎮、市、區。