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本分署設分署長一人，設估價小組為委員制(以分署長為召集人)、副分署長二人、秘書一人，
下設接管科、勘估科、處分科、管理科、租賃科、改良利用科六科，
分別掌理國有財產之接管、清查、處理、管理及開發利用等項業務；
並設秘書室、主計室、人事室及政風室四室，
分別掌理國產業務之電腦化、總務、會計、人事及政風等項業務。
下轄新竹辦事處、雲林辦事處，南投辦事處、彰化辦事處及苗栗辦事處，各辦事處下設一、二、三股分股辦公。